জামালপুর সদর উপজেলার উপর দিয়ে দুটি নদী বয়ে গেছে। একটি ব্রহ্মপুত্র নদ অপরটি ঝিনাই নদী। বানার নদী নামে আরো একটি নদী ছিল কিন্তু ১৯৭৮সালে শহীদ প্রেসিডেন্ট জিয়াঊর রহমান ইরিগেসন কার্যক্রম বাস্তবায়নের জন্য ব্রহ্মপুত্র নদ থেকে পানি সেচের জন্য নদীর মুখটি বন্ধ করে দেন। বর্তমানে নদীর ঊৎসমূখ বন্ধ থাকায় ব্রহ্মপুত্র নদ থেকে পানি প্রবাহিত হচ্ছে না। ফলে এটি এখন একটি খালে পরিণত হয়েছে। ব্রহ্মপুত্র নদটি তিববতের মানস সরোবর থেকে সাংপো নামে উৎপন্ন হয়ে ভারতের অরূণাচল প্রদেশের মধ্য দিয়ে ব্রহ্মপুত্র (ব্রহ্মার সন্তান) নামে প্রবাহিত হয়েছে। প্রবাহস্থানে ৫টি প্রধান উপনদী থেকে ব্রহ্মপুত্র পানি সংগ্রহ করেছে যাদের মধ্যে ডিহঙ্গ এবং লুহিত প্রখ্যাত। এ ধারা পশ্চিম দিকে প্রবাহিত হয়ে কুড়িগ্রাম জেলার মাজাহরালীতে দক্ষিণ দিকে মোড় নিয়ে বাংলাদেশে প্রবেশ করেছে। এখান থেকেই নদীর নাম হয়েছে ব্রহ্ম-যমুনা। অধিকতর ক্ষেত্রে যমুনা নামেই পরিচিত। এধারা দক্ষিণে ২৭৭ কিঃ মিঃ প্রবাহিত হয়ে আরিচার কাছে আলেকদিয়ায় গঙ্গা নদীর সাথে মিলিত হয়েছে। এ মিলিত ধারা দক্ষিণ পূর্ব দিকে ২১২ কিঃমিঃ প্রবাহিত হয়ে চাঁদপুরের নিকট মেঘনায় পতিত হয়েছে। অপর দিকে ব্রহ্মপুত্র নদের শাখা থেকে ঝিনাই নদীর উৎপত্তি হয়েছে।